การตรวจสอบภายในภาคราชการเริ่มมีมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2505 โดยระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลัง พ.ศ. 2505 ได้กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการแต่งตั้งข้าราชการในหน่วยงาน 1 คน หรือหลายคน เป็นผู้ตรวจสอบภายใน รับผิดชอบในการตรวจสอบการเบิกจ่ายเงินรวมทั้งการก่อหนี้ผูกพันงบประมาณรายจ่ายของเจ้าของงบประมาณนั้น ๆ และตรวจสอบงานด้านอื่น ตามที่หัวหน้าส่วนราชการมอบหมายเป็นการภายใน และรายงานผลการตรวจสอบโดยตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการอย่างน้อยเดือนละครั้ง และต่อมาในปี พ.ศ. 2516 ข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายใน ได้ถูกนำไปกำหนดไว้ในระเบียบ การรับจ่าย การเก็บรักษาและการนำส่งเงินของ ส่วนราชการ พ.ศ. 2516 แทน โดยกำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการ หรือผู้ว่ารากชารจังหวัดแต่งตั้งข้าราชการซึ่งไม่ต่ำกว่าชั้นตรีอย่างน้อย 2 คน เป็นกรรมการตรวจสอบการเงินประจำเดือนทุกเดือนและมีการแก้ไข ปรับปรุงในปีพ.ศ. 2520 โดยเปลี่ยนแปลงหลักเกณฑ์การแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายใน จากเดิมที่กำหนดให้ทำงานในลักษณะของคณะกรรมการการตรวจสอบการเงิน เป็นแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เป็นผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการนั้น หรือของส่วนราชการในส่วนภูมิภาคในจังหวัดนั้น แล้วแต่กรณี
พ.ศ. 2519 คณะรัฐมนตรีได้มีมติกำหนดให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่า รวมถึงจังหวัดทุกจังหวัดมีตำแหน่ง อัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการหรือของจังหวัดโดยเฉพาะ โดยให้ปฏิบัติงานขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ หรือผู้ว่าราชการจังหวัด แล้วแต่กรณีและให้กระทรวงการคลัง เป็นผู้รับผิดชอบในการฝึกอบรม
พ.ศ. 2531 - 2532 กระทรวงการคลังได้พิจารณาเห็นสมควรให้มีการส่งเสริม สนับสนุน และผลักดันให้ส่วนราชการมีการตรวจสอบภายในที่เป็นระบบ เพื่อสามารถเป็นเครื่องมือของผู้บริหารในการตรวจสอบติดตามการปฏิบัติงานของส่วนราชการในความรับผิดชอบได้อย่างมีประสิทธิภาพ ประกอบกับข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายในในระเบียบการจับ จ่าย การเก็บรักษา และการนำส่งเงินของส่วนราชการ พ.ศ. 2520 ยังไม่ครอบคลุมถึงขอบเขต หน้าที่ความรับผิดชอบที่แท้จริงของการตรวจสอบภายใน จึงได้ยกเลิกข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายใน ในระเบียบดังกล่าว และนำมากำหนดเป็นระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2532
พ.ศ. 2542 มีการปรับปรุงแก้ไขและกำหนดเป็นระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2542 ซึ่งต่อมาได้มีการปรับปรุงแก้ไขเป็นระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2551 ซึ่งถือใช้ในปัจจุบัน